Profesional desde el año 99, la primera copa que levantó Fernando González en un campeonato oficial de la ATP fue en Orlando (EEUU), en 2000, venciendo a Nicolás Massú en la final. No obstante, ya había vencido en el torneo de jóvenes promesas de Santiago de Chile en 1999 y debutó con su selección en la Copa Davis.
Sin embargo, no todo en la carrera deportiva de González ha sido un camino de rosas, puesto que se perdió gran parte de la temporada del año 2000 tras sufrir una fractura en su mano derecha. Esta lesión le pasó factura, puesto que le costó volver adquirir el nivel y la concentración necesaria para estar entre los mejores del tenis internacional.
En 2001, disputó sólo torneos del circuito Challenger, cuyo mejor registro fue disputar la final del campeonato de Montevideo, perdiendo ante Nabaldian.
En 2002, Fernando González volvió a retomar la senda de la victoria, coronándose como campeón del certamen chileno de Viña del Mar y de Palermo, ambos campeonatos oficiales ATP, frente a Nicolás Lapentti y José Acasuso, respectivamente.
En la temporada siguiente, el jugador chileno continuó progresando adecuadamente, aunque no pudo conseguir ninguna victoria, sin embargo, pudo llegar por primera vez hasta los cuartos de final en la ronda parisina de Roland Garros.
En 2004, González se reencontró con el triunfo en Viña del Mar, el cuarto torneo ATP de su trayectoria, tras vencer al brasileño Gustavo Kuerten.
No obstante, el momento álgido del citado año llegó cuando le colgaron en el cuello la medalla de oro en los Juegos Olímpicos de Atenas en la modalidad de dobles, con Massú, como pareja, y el bronce en individual, cerrando la campaña por segunda vez en el top 25 de la "Carrera de Campeones".
2005 no ha sido un año peor para Fernando González, puesto que se adjudicó tres campeonatos ATP en tres superficies diferentes, lo que da buena cuenta de su polivalencia y adaptabilidad a cualquier situación.
El chileno levantó los títulos de Auckland (Nueva Zelanda), en pista dura; Amersfoord (Holanda), sobre tierra batida; y en Basilea (Suiza), en superficie de interior.
El número uno chileno consiguió en 2006 colarse dentro del Top 10 de los mejores tenistas. Ha sido sin duda, su mejor temporada.
En Indianápolis, llegó hasta cuartos de final, le apeó de la competición Xavier Malisse. Después, en Los Ángeles derrotó a André Agassi, en el partido de despedida del tenis profesional de éste, en cuartos de final de ese torneo. Luego, en semifinales, perdió ante Tursunov. También llegó a semifinales en dos Masters Series, en Toronto y en Cincinnati, en los que cayó, respectivamente, ante Federer y Roddick. Su tercera semifinal en un Masters en la temporada llegó en el de Montecarlo. Después de vencer a Moyà, López, Soderling y Ljubicic, perdió ante el número uno, Roger Federer. Esta gran actuación le supuso un gran salto en el ranking, del puesto 21 al 10. Es, junto a Marcelo Ríos y Nicolás Massu, el trío de chilenos que ha conseguido entrar en el Top 10.
En el Masters de Roma perdió en cuartos frente al número dos del mundo, Rafa Nadal, que después fue el campeón de ese torneo. Y en el de Hamburgo, llegó hasta tercera ronda, le apeó del torneo otro español, Fernando Verdasco.
El comienzo de la temporada no fue del todo bueno. Llegó a cuartos en Auckland, y cayó en primera ronda en el Open de Australia, ante Bogomolov. Después, en su tierra, en Viña del Mar, consiguió llegar hasta semifinales, pero perdió frente a su compatriota, Massu. En los Masters de Indian Wells y Miami no le fue del todo bien, en el primero cayó en la primera ronda ante Soderling, y en el segundo, llegó hasta la tercera, puesto que Kiefer le derrotó.
Participó con Chile en la Copa David. Se enfrentaron a Estados Unidos, sobre hierba, y su mejor actuación fue su victoria ente James Blake en un partido que duró más de cuatro horas. Después perdió ante Roddick, en cuatro sets. Su actuación en hierba se completó llegando a cuartos en Queen's y a tercera ronda en Wimbledon, en la que cayó ante Federer. En el Masters Series de Madrid llegó hasta la final, pero volvió a cruzarse con Federer.
En marzo, cambió de entrenador. El anterior, Horacio de la Pena, fue sustituido por Larry Stefanki en mayo.
Fernando González se ha consolidado en 2007 como uno de los mejores tenistas sudamericanos de todos los tiempos. Ha vuelto a cerrar la temporada dentro del Top 10. Comenzó el año de forma inmejorable, llegando a la final del Open de Australia, derrotando a jugadores de la talla de Hewitt, Blake, Nadal y Haas, hasta toparse con Roger Federer en la final, una final épica en cinco sets, que cayó del lado del suizo. Esta gran actuación en el Open australiano le valió para saltar del puesto 9 al 5.
En marzo, alcanzó la cuarta ronda en el Masters de Indian Wells y la tercera en el de Miami. Su juego sufrió un parón hasta Mayo, cuando logró llegar a la final del Masters Series de Roma, torneo que perdió antes el español Rafa Nadal. En Roland Garros no tuvo demasiada suerte y perdió en primera ronda ante Radek Stepanek.
En hierba, logró llegar a cuartos de final del torneo de Queen's, y a tercera ronda de Wimbledon, donde perdió ante Tipsarevic en cinco sets. El circuito veraniego no se le dio bien, con cuatro derrotas y ninguna victoria. Con Chile, en Copa Davis, perdió el play off ante Israel por un marcador global de 3-2 para los israelíes. Su trayectoria individual se enderezó llegando a los cuartos de final de tres torneos: Viena, Madrid y Basilea. Cerró la temporada en el Masters Cup de Shanghai, con una actuación discreta. En 2007, consiguió unas marcas de 21-12 en superficie dura, 11-8 en tierra batida y 4-2 en hierba.