En 1995, Nicolas Kiefer ganó su primer título Challenger en Gasmisch y alcanzó por primera vez los cuartos de final en un torneo ATP en Saint Petersburgo. Al año siguiente se clasificó para su primer Grand Slam en el Open de Australia. Alcanzó la segunda final Challenger en Lubeck y a los cuartos de final en Kitzbuehel.
En 1997 se situó como el número 1 alemán por primera vez, destronando a Becker que había estado en cabeza en 12 de los 13 últimos años. Se estrenó al llegar a los cuartos de final de un Grand Slam en Wimbledon al derrotar al número 6 Kafelnikov, en su primera victoria ante un tenista situado en el Top 10, aunque después vendrían otros como Ríos y Rusedski.
Se lesionó en su tobillo derecho en Stuttgart y tuvo que ser operado de los ligamentos el 16 de julio, lo que le mantuvo fuera de las pistas durante siete semanas. Consiguió su primer título ATP en Toulouse y dos semanas más tarde llegó a la final en Singapur.
En 1998 su mejor resultado AT fue llegar a semifinales en Toulouse y a cuartos del Open de Australia, donde perdió ante Escudé en cinco sets. Consiguió su primer título ATP de dobles en Ostrava.
Al año siguiente, el número 1 alemán por segunda vez en tres años disfrutó de una buena temporada consiguiendo tres títulos en cinco finales, terminó en el puesto número 6 del ranking y ganó 54 partidos. Kiefer, Becker y Stich se convirtieron en los únicos tenistas alemanes en terminar en el Top 10 en la historia del ranking ATP, más tarde lo conseguiría también Hass (en 2001).
En febrero, llegó a la primera de las tres finales asiáticas de la temporada en Dubai. En abril, logró en título en Tokio. En pista de hierba, no perdió ni un solo set hasta conseguir el título en Halle. En el circuito de verano sobre pista de cemento en Norteamérica, llegó a las semifinales del AMS de Montreal, a la tercera ronda del de Cincinnati y a semifinales en Washington.
Se hizo con el título en Tashkent, se metió en semifinales en Basel y en la Final de Viena, donde perdió ante Rusedski en una auténtica batalla a cinco sets. Se rompió los ligamentos de su tobillo izquierdo el 26 de octubre en Stuttgart y no volvió hasta la Carrera de Campeones ATP en Hannover donde llegó a semifinales cayendo ante el campeón Sampras. Consiguió un registro de 10-9 ante oponentes situados en el Top 10, con una marca de 41-15 en pista de cemento, 6-1 en hierba, 4-5 en moqueta y 3-4 en tierra batida.
A pesar de sufrir una lesión durante la temporada, el número 1 alemán ganó dos títulos ATP, terminó en el Top 20 por segunda vez consecutiva y llegó a cuartos en dos torneos de Grand Slam en el año 2000.
En los dos primeros meses, llegó a semifinales en Doha, a cuartos en el Open de Australia y en Rotterdam y ganó el título en Dubai ante Ferrero. En marzo, se rompió los ligamentos de su tobillo derecho en el AMS de Indian Wells donde perdió en la primera ronda ante Santoro. Jugó en Miami y perdió en la ronda de apertura ante Fromberg, luego tuvo que retirarse durante dos meses.
Volvió a la pistas el 22 de mayo en Saint Poelten y se retiró por una recaída en su tobillo en la primera ronda ante Gaudenzi. En hierba, llegó a cuartos en Halle. En agosto empezó a recuperar su nivel de juego y llegó a semifinales en Washington con victorias sobre Coria, Manta y Gambill, perdiendo ante Corretja. Cerró la temporada en el Grand Slam accediendo por primera vez a cuartos de final en el Open USA, donde derrotó al número 5 Norman en la cuarta ronda antes de perder ante el ganador, Safin, en cuatro sets.
Cayó en primera ronda en los Juegos Olímpicos de Atenas antes del que sería medalla de bronce, Di Pascuale. En la siguiente cita ATP en Hong Kong, derrotó a Lapentti en cuartos, a Henman en semifinales y a Philippoussis en la final para ganar su segundo título del año. No jugó el resto del año debido a una fractura en su muñeca derecha. Consiguió un registro de 27-11 en pista de cemento, 2-2 en hierba y 1-3 en tierra batida.
En 2001, Kiefer terminó en el Top 50 por quinta temporada consecutiva. Llegó a la final en Moscú al derrotar a Federer, Rosset y Hrbaty antes de perder ante Kafelnikov. Alcanzó la cuarta ronda en Wimbledon donde le eliminó Agassi. En Copa Davis, ganó el quinto y decisivo encuentro de la primera ronda ante el rumano Gabriel Trifu. En abril, perdió ante Siemerink y ganó a Sluiter en cuartos, y Alemania cayó por un global de 4-1.
En 2002 se metió en una sola final ATP durante la temporada en Halle y consiguió su segundo título en dobles. En Wimbledon alcanzó la tercera ronda por cuarta vez. En las pistas de cemento de Estados Unidos, llegó a cuartos de final en Los Angeles y a tercera ronda en Indianapolis.
En Flushing Meadows perdió ante el número 2 Safin en un partido a cinco sets que duró 4 horas y 32 minutos y sufrió calambres en sus piernas al final del quinto juego. Ayudó a Alemania a meterse en el Grupo Mundial Copa Davis 2003 con victoria sobre el venezolano Orellana. En dobles, ganó el título en Los Ángeles como pareja de Grosjean.
En el año 2003 Kiefer se situó en el Top 100 por séptima vez consecutiva a pesar de estar fuera de las pistas durante dos meses por una lesión. Alcanzó la duodécima final de su carrera y consiguió llegar al menos a cuartos de final en otros cuartos torneos durante la temporada. También consiguió su tercer título en dobles.
Una lesión en el talón izquierdo le obligó a perderse el Open de Australia después de haber disputado 20 Grand Slams consecutivos. Reapareció en Delray Beach en marzo, cayendo ante Gambill en la primera ronda. Hizo una marca de 1-5 antes de llegar a Roland Garros donde se metió en segunda ronda por primera vez desde 1998 y cayó ante Coria.
En hierba, llegó a la final en su país natal en Halle por tercer vez desde 1999. Derrotó a Clement en semifinales antes de perder ante Federer en la final. Tuvo bastante éxito sobre las pistas de cemento norteamericanas, alcanzando los cuartos en Indianapolis y las semifinales en Los Angeles y Long Island.
Terminó el año con los cuartos de final en Viena perdiendo ante Moyá. En dobles, se hizo con el título en Tokio con su compañero Gimelstob. Logró un registro de 14-11 en pista de cemento, 4-3 en hierba y 1-3 en tierra batida.
En el 2004 el número 2 alemán, por detrás de Haas, tuvo su mejor temporada al alcanzar cuatro finales ATP y terminar en el número 20 del ranking ATP. Después de comenzar con un 0-4, despegó en su juego alcanzando finales consecutivas en Memphis, donde le derrotó Johansson, y Scottsdale, perdiendo ante Spadea. También llegó a cuartos en Miami. No consiguió ganar partidos consecutivos en tierra batida pero se metió en cuartos de final en hierba en Halle.
Lo mejor vino cuando llegó a las finales ATP de Los Ángeles e Indianapolis, en la primera cayó ante Haas y en la segunda con Roddick. Se metió también en semifinales en el Master Series ATP de Toronto, donde ganó a Safin y Moyá y perdió ante Roddick. Youzhny le eliminó en la tercera ronda de los Juegos Olímpicos de Atenas. Se retiró en la cuarta ronda del Open USA ante Henman al sufrir una lesión en su muñeca derecha. No jugó el resto de la temporada.
Completó la temporada con un registro de 32-14 en pista de cemento, 3-4 en tierra batida y 2-2 en hierba, y una marca de 18-8 en tie-breaks y de 5-0 ante tenistas zurdos. En dobles, ganó la medalla de plata al caer ante los chilenos González y Massú en cinco sets.
En 2005 Kiefer volvió a ser el mejor tenista alemán y entró en el Top 25 por segunda vez consecutiva. Alcanzó dos finales ATP en el último mes de juego. En la primera mitad de la temporada, tuvo un registro de 17-13, consiguiendo su mejor resultado al alcanzar los cuartos de final en Adelaide, Dubai y el AMS de Indian Wells. En el primero cayó ante Olivier Rochus, en el segundo ante el español Robredo y en el último ante Federer. También se metió en la cuarta ronda de Roland Garros por primera vez en nueve participaciones.
En hierba, llegó a tercera ronda en Wimbledon y fue el único jugador en ganar un set al campeón Federer. En los últimos cinco meses accedió a semifinales en Indianapolis, a cuarta ronda en el Open USA por segundo año consecutivo y logró el subcampeonato en octubre en Moscú ante Andreev y en Sant Petersburgo ante Johansson.
Kiefer perdió sus últimas nueve finales desde que ganó el título ATP en Hong Kong en el 2000. En esta temporada consiguió victorias destacadas frente a tenistas del Top 10 como Safin, Gaudio, Nalbandian y Davydenko.
La temporada 2006 para el número uno alemán ha estado marcada por sus problemas de muñeca, que le hicieron pasar por el quirófano tras Roland Garros.
El mejor resultado de los cinco primeros meses de la temporada fue su mejor actuación hasta el momento en un Grand Slam, puesto que llegó a semifinales en el Open de Australia. Ganó Ferrero, Chela y Grosjean (a este último en un maratoniano partido de casi cinco horas), pero Federer, posterior ganador, se cruzó con el en las semifinales y le derrotó en cuatro sets.
En marzo, llegó a cuarta ronda en Miami. En Montecarlo, ya en tierra batida, Coria le apeó del torneo en tercera ronda. En Roma y Hamburgo, corrió peor suerte, pues sólo llegó a segunda ronda. Ya en Roland Garros, tras un partido de casi cinco horas en segunda ronda ante Gicquel, venció, pero se lesionó en la muñeca, y tuvo que retirarse en tercera ronda. Tuvo que ser operado en junio de esa lesión.