Marcos Daniel disputó su primer torneo oficial en 1995 en el Challenger de Brasilia. Sus actuaciones en años sucesivos no fueron especialmente destacables, al caer en primeras rondas de campeonatos como el de Belo Horizonte.
En 1998, consiguió acceder a la primera final de su carrera en el certamen de jóvenes promesas de Perú y, un año después, obtuvo su primera victoria en Brasil, además de llegar a la final en Uruguay.
No obstante, a Marcos Daniel hay que evaluarle también por su intensa actividad en la modalidad de dobles, consiguiendo victorias en los Challenguer de Argentina con Schlachter (1999) y Eisenach (2002) haciendo pareja con García.
Su debut en un torneo oficial de la Asociación Profesional de Tenistas acaeció en 2002 en Viña del Mar (Chile) y su incursión en un Grand Slam, concretamente el Abierto de Australia, data de 2003.
En ese año obtuvo el Gramado Challenger y en dobles, el mismo campeonato, al que añadir Belo Horizonte, haciendo pareja con Miranda.
Un palmarés acumulado nada comparable al de 2005, sin duda alguna el mejor de su trayectoria profesional, puesto que el jugador carioca alzó la prestigiosa Copa Petrobrás-Bogotá, la más importante de la serie Challenger en América Latina, que recorre un total de seis países: Chile, Argentina, Bolivia, Colombia, Brasil y México, además de ser finalista en el Futuro de Brasil, Sevilla y Quito.
En dobles, tampoco le fue nada mal al brasileño al levantar los títulos de Bogotá y Sevilla.
La excepcional temporada de Marcos Daniel he hace albergar muchas esperanzas de cara al 2006 y el tenista se ha marcado el objetivo de ascender en la clasificación de la ATP hasta el top 50.
Comenzó la temporada 2006 cayendo derrotado en primera ronda en Chennai, Open de Australia, Viña del Mar, Buenos Aires y Costa Do Sauipe. En Acapulco llegó hasta cuartos de final, donde fue batido por Gastón Gaudio. En Houston, quedó fuera del torneo en segunda ronda, el mismo resultado lo obtuvo en el torneo austriaco de Poertschach.
En Roland Garros, las cosas no mejoraron, y fue derrotado en primera ronda por el francés Montcourt. Hasta Wimbledon, sólo participó en Challengers, y el en Grand Slam de hierba, volvió a caer en primera ronda, esta vez ante el finlandés Nieminiem. El mismo resultado volvió a repetirse en el US Open, pero esta vez perdió ante Gabashvili. En el resto de la temporada no consiguió ningún resultado significativo.