Su nombre completo es Mariano Rubén Ouerta, su apodo "Marian". Empezó a jugar al tenis cuando tenía cinco años con su padre, Rubén, que es entrenador de este deportes y solía entrenar con su hijo. Su madre se llama María Emilia. Tiene dos hermanos más pequeños, Mauro y María Paula. Alcanzó la final junior de Roland Garros en 1995. Ganó campeonatos sudamericanos en 1995 y terminó como número 4 del mundo en junior ese mismo año.
Los deportistas que más le han inspirado en su vida son Diego Maradona y Michael Jordan. Habla español, italiano e inglés. Le gusta el fútbol, es aficionado del Boca Junior, y los coches, se decanta por los BMW. Su jugador de fútbol favorito es Roman Riquelme.
Se casó con su esposa Sol el 14 de noviembre de 2003. Dice que el momento más importante de su carrera fue en la final de Roland Garros en 2005. Su preparador físico es Darío Lecman, que fue levantador de pesos y participó en los Juegos Olímpicos de Atlanta, Sydney y Atenas. Su entrenador es su compatriota y ex jugador ATP Guillermo Pérez-Roldán desde el Abierto de Estados Unidos de 2005.
Mariano Puerta desarrolla su mejor juego sobre tierra batida.